1920년대에 이르러 소련에 합병된 후, 이 지역 사람들의 종교도 변화되었다.  원주민들은 무신론(無神論)과 소비에트 정부 주도하의 세속화(世俗化) 정책에 굴복하였으며, 기독교와 함께 이슬람교도 강한 핍박을 받게 되었다.  이데올로기(Ideology)를 앞세워 진행된 혁명과 공산주의적 개혁이 그 영향권안에 있는 무슬림들에게 큰 영향을 미쳤으리라는 것은 누구나 쉽게 추론할 수 있다.

1928년부터 강력하게 추진된 소련 공산 정부의 반 이슬람 정책들로 인해 러시아-소비에트 제국 영토내에서의 이슬람 확장은 중단되었다.  소련내에서의 무슬림에 대한 정책은 여러번의 변화를 겪었는데 이들 변화는 크게 일곱번의 뚜렷이 구별되는 시기를 가진다.

첫째 시기는, 볼세비키(Большевики) 혁명(革命)으로부터 1919년 사이의 기간으로, 이 기간 동안에는 이슬람을 비롯한 모든 종교들이 볼세비키에 의하여 심한 박해를 받았다.  

둘째 시기는, 1919년부터 1928년까지 지속된 기간으로, 이 기간 동안에는 공산당에 가담한 무슬림 지도자들에 의하여 이슬람 문화를 부분적으로 보존할 수 있었던 시기이다.  이슬람은 기독교에 비하여 상대적으로 큰 제약을 받지 않고 존재할 수 있었지만, 소비에트 정부는 이슬람 성직자들의 영향력을 약화시키기 위하여 그들의 경제력의 기반이었던 이슬람 종교 조합인 와크프(Waqf)를 폐지하고, 이슬람 종교법인 샤리아(Sharia)와 이슬람의 관습법들을 지키는 것을 억압하였으며, 이슬람 신학교인 메드레세(Madrassah)를 폐지하였다.  

셋째 시기는, 1928년부터 1941년까지의 기간으로, 이 시기에는 스탈린(Сталин)에 의하여 모든 종교에 대한 박해가 강행되었다.  이러한 박해로 수천개의 이슬람 사원이 문을 닫았고, 대부분의 이슬람 성직자들이 투옥되었다.

넷째 시기는, 1941년부터 1959년까지의 기간인데, 소비에트 정부는 제 2차 세계 대전을 효과적으로 수행하기 위하여, 종교 단체들에게 비교적 너그러운 정책을 사용하였다.  

다섯째 시기는, 1959년부터 1964년까지 이루어진 후르시쵸프(Хрущёв)의 통치기간으로, 이 시기에 후르시쵸프는 종교에 대한 새로운 핍박을 자행하였다.  그 결과 활동하던 대다수의 이슬람 사원들이 폐쇄되었으며, 1958년에 약 1,500여개에 달하던 이슬람 사원의 수가 1968년에는 500개에도 미치지 못하였다.

여섯째 시기인 1964년부터 1982년까지는, 초기에 브레지네프(Брежнев)에 의한 반 이슬람 운동이 시작되었으나 이에 대한 반발이 만만치 않자, 정부는 이슬람과의 관계를 원만히 하고자 노력하였다.  그 결과로 1970년대 후반에 들어서서는 많은 이슬람 사원들이 문을 열게 되었고, 타쉬켄트(Ташкент)에 자리잡은 이슬람 영적 지도 협의회도 활발히 활동하게 된다.

마지막으로 일곱째 시기인 1982년 이후에는 새로운 반 이슬람 운동이 정부의 주도하에 시작되었는데, 고르바쵸프(Горбачёв) 시절의 소비에트 정부는 이슬람을 강력히 비난하는 등 암시적으로 이슬람에 대한 핍박을 가하게 된다.

놀라운 사실은 과거 러시아 제국의 기독교인 러시아 정교의 팽창 정책과 공산 체제하에서의 무신론 교육에도 불구하고 구 소련의 중앙 아시아 국가들은 여전히 무슬림 집단으로 남아있다는 것이다.  이들이 이러한 어려움 속에서도 이들의 종교적 전통을 전수해 내려오는데는 14세기 중엽 최초로 러시아 제국의 중앙 집권 체제를 확립하고 영토를 대대적으로 확장시킨 ‘무서운 이반(이반 大帝, Царь Иван Грозный, Tsar Ivan the Terrible)’이라고 알려져 있는 러시아 최초의 짜르이며 통치자인 이반 4세가 무력을 사용하여 기독교(러시아 정교) 팽창 정책을 폈으며, 이에 따른 무자비한 반 이슬람 정책을 편 데에 대한 반감으로부터 기인한다.  이러한 반 기독교 감정은 역으로 작용하여 수 백년 동안의 러시아 통치 아래에서도 끝까지 이슬람을 자기의 것으로 고수하게 되었고, 이후 공산주의 소비에트 시절에도 혁명 주체 세력인 러시아인들은 대부분 무신론자로 전락했지만, 중앙 아시아인들은 그들의 종교적 전통을 어렵게나마 고수하게 된다.