러시아인들이 16세기에 중앙 아시아 지역을 정복했을 때, 이 지역의 주인이었던 회교도들은 러시아인들을 적과 침략자로 간주할 수 밖에 없었다.

‘무서운 이반(이반 대제, Царь Иван Грозный, Tsar Ivan the Terrible)'으로 알려져 있는 러시아 제국의 이반 4세는 이슬람을 핍박하며 중앙 아시아에 러시아 정교를 유포시키기 시작했다.  장기화된 러시아의 침략은 많은 무슬림들을 러시아 정교로 개종할 수 밖에 없게 하였는데, 대표적인 사례로는 이반 4세로부터 가장 잔인한 핍박을 받았던 카잔(Kazan) 공국의 투르크계 타타르인들이다.  이러한 영향으로 지금도 많은 타타르인들이 러시아 정교를 신봉하고 있다.  1565년에 이르러는 대중에 대한 정교회로의 개종이 강제적으로 시행되었다.

그러나 전반적으로 볼 때, 러시아 정교회는 선교적인 교단이 되지 못했으며, 단지 러시아의 영내로부터 중앙 아시아 지역으로 이주한 러시아인을 대상으로 하는 교회로 자리잡고 만다. 러시아 정교는 지금도 중앙 아시아에 거주하는 러시아인들에 의해 신봉되고 있으나, 원주민들에게는 거의 영향력을 발휘하지 못하고 있다.