중앙 아시아 지역의 기독교 선교에 대한 기록은 기원후 300년경 로마 작가 아루노비우스(Arunobius)가 저술한 “이방민족지(異邦民族誌, Adversus Gentes)”에 언급되어 있다. 이에 따르면, 예수의 승천 2년 후에 사도 중 한 사람인 도마가 전도의 사명을 띠고 인도와 극동으로 가던 중 에데싸(Edessa)와 파르티아, 부하라(Бухара, Bukhara), 박트리아(Bactria, 大夏)에 들러 처음으로 기독교를 전도했다는 것이다. 250년경에 나온 시리아인의 저서 “사도의 교의(The Doctrine of the Apostles)” 중에도 중앙 아시아 일원에서의 기독교 전파상과 기독교인들의 전도열을 전하고 있다.

6세기 중엽에는 네스토리우스파 교주 마르 아바 1세(Mar Abha Ⅰ)는 옥서스(Oxus)강 유역과 고대 박트리아 지방에 전도사를 파견하여 그곳에 거주하는 에프탈족과 돌궐족들을 교화하였다. 이를 계기로 7세기경 옥서스 강 유역에서는 전도가 활발히 진행된 것으로 알려지고 있다.  644년 메르브의 대사교(大司敎) 엘리야(Eliya)가 이 지역에서 돌궐인들에게 침례를 주어 대부족 전체를 개종시킨 사실을 비롯해, 교주 이소야푸스 3세(Isoyaphus Ⅲ, 650-660 재위)의 서장(書狀)에 따르면, 대사교 두 명과 사교(司敎) 20명이 이 일대에서 활동하고 있었다고 하니, 돌궐족 속에서의 전도 상황을 짐작할 수 있다.

7세기에는 옥서스(Oxus)강 동편의 사마르칸드(Самарканд, Samarkand)에 대사교(大司敎)가 주재하는 교구가 신설된 후 9세기 말에 이르기까지 대사교(大司敎) 교구가 10여 곳 증설되어 중앙 아시아 전반에 대한 포교망이 정비되었다.

장안(長安)은 763년에 그노시스(Gnosis) 기독교의 한 종파에서 마니교로 전향한 위그르의 왕인 텐글리 뮈주(Tengli Meuju)에 의해 지배되고 있었는데, 이 위그르 칸은 자신의 정치적인 힘으로 마니교를 국교로 만들었으나, 국민들은 이에 불만을 품고 그를 살해하고 말았다.  그의 후계자인 알프 오트루프(Alp Outlugh)칸(780-790)은 네스토리우스파의 대주교인 디모데우스(Timotheus)에 의해 기독교로 전향했으며, 디모데우스는 80명의 주교들에게 성직을 하사하여 그들을 중앙 아시아 각 지역에 흩어져있는 다른 위그르족들에게 보내었다.  이 당시의 중앙 아시아 지역은 기독교에 대하여 매우 개방적이었으며, 기독교는 시베리아와 만주 지방에까지 전해졌다.

그러나 몽골 제국 초기의 기독교의 성장에도 불구하고, 서방 기독교의 분열로 말미암아 16세기까지의 중앙 아시아의 기독교 공동체는 완전히 몰락의 길을 걷게 되었다.